Ngôi chùa cổ từng được ca tụng là danh thắng bậc nhất của thành Gia Định xưa, sở hữu những pho tượng cổ có xuất xứ, vật liệu kỳ lạ.
Với những nét cổ kính từ hàng trăm năm còn được giữ lại, có thể nói Chùa Phụng Sơn là nơi hiếm hoi còn lại lưu dấu những nét đẹp của kiến trúc chùa cổ Nam bộ ngày nay.
Không chỉ là một công trình kiến trúc mang nhiều giá trị về lịch sử, văn hóa, mỹ thuật, chùa Phụng Sơn còn là một di tích khảo cổ của Sài Gòn.