Hàng chục vướng mắc được trả lời, nhưng vẫn còn nhiều ý kiến từ hàng trăm doanh nghiệp (DN) phải tiếp tục gửi lên các cơ quan chức năng trả lời bằng văn bản tại “Hội nghị đối thoại với DN về chính sách và thủ tục hành chính thuế, hải quan năm 2016”. Các vấn đề tập trung chủ yếu vào thuế giá trị gia tăng (GTGT), thuế thu nhập DN (TNDN), thủ tục thuế, thủ tục hải quan, hoàn thuế và các vấn đề xuất nhập khẩu.

Chưa thông cho đối tượng không chịu thuế

Đại diện Công ty Bình Thuận chuyên sản xuất thức ăn gia súc, gia cầm đặt câu hỏi: Căn cứ vào một số công văn thuế địa phương cho mặt hàng bột mì, công ty được khấu trừ thuế GTGT từ tháng 1 đến tháng 5, nhưng tại sao tháng 6 trở đi không được khấu trừ? Cũng liên quan đến chính sách cho đối tượng không chịu thuế GTGT, đại diện Công ty TNHH Trục chà lúa-Tân lúa vàng, là DN xuất-nhập khẩu trong lĩnh vực nông nghiệp, nêu ý kiến, tại sao ở khâu nội địa đã kê khai và khấu trừ thuế của DN nhưng đến khâu nhập khẩu tại hải quan cửa khẩu vẫn áp DN là đối tượng chịu thuế?

Theo giải đáp của ông Phạm Đình Thi, Vụ trưởng Vụ Chính sách thuế, trường hợp của Công ty Bình Thuận, theo Luật sửa đổi bổ sung một số điều của Luật Thuế GTGT từ ngày 1-1-2015, các mặt hàng phân bón, thức ăn chăn nuôi, máy móc nông nghiệp thuộc đối tượng không chịu thuế GTGT. Trong quá trình thực hiện rất nhiều DN có ý kiến quy định này tạo thuận lợi cho DN, nhưng cũng có đơn vị cho rằng gây bất lợi cho DN do không được kê khai khấu trừ thuế GTGT đầu vào. Tuy nhiên, vấn đề này đã được quy định rõ trong Luật Thuế GTGT là 3 nhóm hàng trên không thuộc đối tượng chịu thuế GTGT, nên phải tuân theo quy định của pháp luật. Còn trường hợp của Tân lúa vàng, nếu như ở khâu nội địa đã đưa vào đối tượng không chịu thuế và đã có văn bản hướng dẫn, chắc chắn phải được áp dụng ở cả khâu nhập khẩu đến xuất khẩu, tức là phải đồng bộ nếu mặt hàng đó đã không chịu thuế GTGT ở khâu nội địa.

Mặc dù nội dung sửa đổi bổ sung trong Luật Thuế GTGT đã có quy định các mặt hàng phân bón, thức ăn gia súc, gia cầm và thức ăn cho vật nuôi khác; máy móc, thiết bị chuyên dùng cho sản xuất nông nghiệp thuộc đối tượng không chịu thuế. Tuy nhiên những thắc mắc trong quá trình triển khai vẫn còn khá nhiều. Chẳng hạn đại diện Công ty Cơ khí công nghiệp Bùi Văn Ngọ (Long An) nêu vấn đề, đơn vị của ông thuộc ngành đối tượng không chịu thuế, những thiết bị phụ tùng theo hướng dẫn văn bản ngành thuế thuộc mặt hàng đã được định danh không chịu thuế, tuy nhiên trong đó có 4.000 chi tiết để hình thành các máy móc thiết bị, vậy những hàng đã được định danh so với mặt hàng của công ty đang kinh doanh vẫn còn thiếu rất nhiều. Trong khi những mặt hàng đã được định danh so với các DN cùng ngành nghề lại có tên gọi không thống nhất. Do đó việc áp dụng đối tượng không chịu thuế với DN gặp rất nhiều khó khăn.

Với trường hợp này, ông Cao Anh Tuấn, Phó Tổng cục trưởng Tổng cục Thuế , cũng phải thừa nhận, việc xác định máy móc trong ngành nghề thuộc đối tượng không chịu thuế cần có hướng dẫn và dù đã có ban hành danh mục nhưng với hàng chục ngàn mã hàng cũng rất phức tạp và ngay cả bản thân Tổng cục Thuế cũng không phải chuyên ngành nên đã gặp khó khăn.

Nhieu vuong mac cho giai dap - Anh 1

Nhiều DN phản ánh trực tiếp với Thứ trưởng Bộ Tài chính Vũ Thị Mai
bên lề buổi đối thoại. Ảnh: HẢI QUỲNH

Văn bản hướng dẫn bất nhất

Đại diện CTCP Đường Quảng Ngãi cho biết Cục Thuế TPHCM đã có văn bản trả lời DN rằng giá thuế tiêu thụ đặc biệt được khấu trừ chiết khấu thương mại, nhưng sau đó lại thu hồi văn bản trên để chờ trả lời của Bộ Tài chính. Đến ngày 10-11-2016, Cục Thuế TPHCM có Văn bản 5930 trả lời cho Cục Thuế Hải Phòng là giá tính thuế tiêu thụ đặc biệt không được trừ chiết khấu thương mại. Sau đó Tổng cục Thuế cũng đã có văn bản nội dung tương tự với DN, nhưng đại diện DN vẫn mong Bộ Tài chính nên có văn bản trả lời chính thức về vấn đề này.

Bên cạnh đó, nhiều trường hợp DN có vướng mắc đã đến hỏi cục thuế nhưng nhiều văn bản lại bất nhất với các văn bản của Tổng cục Thuế, hoặc cục thuế của các địa phương cũng khác nhau. Đơn cử CTCP Đường Quảng Ngãi có nhiều đơn vị hạch toán phụ thuộc đóng tại nhiều địa phương khác nhau, Thông tư 78 hướng dẫn nộp thuế TNDN trên tỷ lệ chi phí. Nhưng gần đây Cục Thuế Quảng Ngãi cho rằng kê khai theo tỷ lệ như thế là không phù hợp, vì thuế suất thuế TNDN tại Gia Lai đối với sản xuất đường bằng 0. Văn bản của Tổng cục Thuế lại yêu cầu đối với địa phương nào kê khai và nộp ở địa phương đó chứ không tính trên tỷ lệ chi phí. Nhưng rồi Cục Thuế Quảng Ngãi lại có văn bản hướng dẫn phải kê khai nộp thuế tại Quảng Ngãi vì trụ sở chính đóng tại đây. “Tổng cục Thuế nên thống nhất các văn bản, vì DN cũng không biết phải kê khai nộp ở địa phương nào” - DN bức xúc nói.

Thứ trưởng Bộ Tài chính Vũ Thị Mai ghi nhận những ý kiến của DN và yêu cầu Tổng cục Thuế, Tổng cục Hải quan rà soát để có những hướng dẫn cụ thể cho DN nắm rõ; đối với trường hợp Công ty Đường Quảng Ngãi về giá tính thuế tiêu thụ đặc biệt có khấu trừ chiết khấu thương mại hay không. Mặc dù đã có công văn nêu rõ chiết khấu thương mại không tính trong giá tính thuế tiêu thụ đặc biệt, nhưng đây là vấn đề đang có nhiều cách hiểu khác nhau. Bộ Tài chính sẽ ghi nhận và trao đổi với các cơ quan liên quan để có hướng dẫn thực hiện thống nhất. Đối với nội dung hoàn thuế, là vấn đề của nhiều DN, sẽ giao nhiệm vụ cho các chi cục thuế rà soát lại và có văn bản hướng dẫn, đặc biệt tránh mâu thuẫn giữa các địa phương khác nhau đối với các DN có nhiều đơn vị hạch toán phụ thuộc. Đối với các trường hợp DN đã có xử phạt nhưng quy định mới không truy thu nữa, phần hoàn trả sẽ thực hiện như thế nào cần được đặt ra. Dù hiện nay vẫn chưa có hướng dẫn bù trừ, nhưng về nguyên tắc DN đã thực hiện đúng chính sách thuế nên phải trả lại cho DN.

minh xuân