Các bối cảnh được lựa chọn trong phim 'Em và Trịnh' được lấy từ ba thành phố lớn tại Việt Nam là Huế, TP.HCM, Đà lạt, một số bối cảnh nổi bật nhất là chợ Bến Thành, dốc số 7, nhà vườn An Hiên.....
Nhà chị em Bích Diễm, Dao Ánh, trường học mà Trịnh Công Sơn dạy ở B'lao, quán cà phê nơi Trịnh gặp Khánh Ly... đều là những bối cảnh xuất sắc.