Dự án đầu tư xây dựng cảng Lạch Huyện sử dụng nguồn vốn vay ODA của Chính phủ Nhật Bản và vốn đối ứng của Chính phủ Việt Nam. Một trong hạng mục xây dựng cảng Lạch Huyện là nạo vét bùn, đất. Tổng cộng có khoảng 40 triệu m3 bùn đất sẽ được nạo vét. Trong đó, 36 triệu m3 đất bùn trong luồng cảng và 4 triệu m3 bùn ở vùng nước trước bến. Theo các văn bản của UBND thành phố Hải Phòng và được sự đồng thuận của Bộ GTVT, phương án nạo vét bùn sẽ được đổ vào 2 khu: Sau đê chắn sóng của 2 bến khởi động (Nam Cát Hải) và Khu công nghiệp Nam Đình Vũ. Tuy nhiên, Cơ quan Hợp tác quốc tế Nhật Bản (JICA) còn có thêm "kế sách” đổ bùn... ra biển.