Theo thống kê của ngành Hải quan, số thuế các doanh nghiệp nợ do chính sách ân hạn thuế đang chiếm khoảng 4.000 tỷ đồng, trong đó nợ khó đòi chiếm khoảng 50%. Nhiều doanh nghiệp tuy đã giải thể hoặc bỏ trốn, nhưng chưa thể xóa nợ được, khiến ngành Hải quan sẽ còn tốn nhiều công sức và kinh phí để truy tìm doanh nghiệp và truy thu thuế. Bộ Tài chính đã báo cáo Chính phủ và trình Quốc hội về việc bỏ ân hạn thuế, nhưng xung quanh vấn đề này vẫn còn nhiều ý kiến chưa đồng thuận.