Tuy nhiên, theo nhu cầu phát triển du lịch, ngày 11-9-2006, UBND tỉnh Ninh Bình đã có Quyết định số 1879/QĐ-UBND phê duyệt quy hoạch chi tiết khu du lịch tâm linh chùa Bái Đính với diện tích 390 ha. Sau một thời gian ngắn, do lượng khách du lịch trong nước và quốc tế đến khu du lịch Bái Đính ngày càng tấp nập nên với quy mô 390 ha, khu du lịch này đã bộc lộ những hạn chế, như không còn chỗ dành cho các công trình vệ sinh, bến xe và nhất là khu tái định cư bố trí quá gần sẽ gây ô nhiễm môi trường, mất vệ sinh khu du lịch... Đồng thời, tuyến đê Hoàng Long nếu không được bảo vệ dễ gây nguy hiểm cho nhân dân khu vực thùng đấu Quai Thao và Quèn Nghè Hang Trai khi mùa mưa tới. Xuất phát từ thực tế trên, việc tiếp tục mở rộng diện tích khu du lịch tâm linh chùa Bái Đính là cấp bách, nhất là khi Thủ tướng Chính phủ có Quyết định số 865/2008/QĐ-TTg ngày 10-7-2008 về việc phê duyệt quy hoạch xây dựng vùng duyên hải Bắc Bộ đến năm 2025 và tầm nhìn đến năm 2050, trong đó nêu rõ lựa chọn đầu tư xây dựng một số trung tâm du lịch cấp quốc tế bao gồm: Hạ Long (Quảng Ninh), Cát Bà (Hải Phòng), khu Tràng An, Hoa Lư (Ninh Bình). Tỉnh ủy, HĐND, UBND tỉnh Ninh Bình đã tổ chức nhiều hội nghị tham khảo ý kiến của các kiến trúc sư trong nước và quốc tế, Hội Phật giáo Việt Nam, để quy hoạch khu du lịch tâm linh Bái Đính - Tràng An mang tầm cỡ quốc gia, quốc tế tương xứng tiềm năng du lịch của vùng văn hóa cố đô có bề dày hàng nghìn năm lịch sử. Theo quy hoạch này, tổng diện tích khu du lịch Bái Đính lên đến 539,2 ha. Trong đó, mở rộng phía bắc đến sông Hoàng Long, phía nam mở rộng thêm khu tái định cư đồi Hang Thanh, phía đông nam mở rộng đến Áng Nhồi, phía tây giáp tuyến đường 8. Khu du lịch Bái Đính có tám khu chức năng chính, đó là khu chùa Bái Đính mới, rộng 80 ha; chùa Bái Đính cũ 27 ha; khu công viên văn hóa và Học viện Phật giáo 30,28 ha; khu đón tiếp du khách và các đại biểu; đất giao thông, bãi đỗ xe gần 43 ha; hồ Đàm thị và hồ Phóng sinh 143,7 ha; khu cây xanh cách ly và bảo tồn 121,03 ha; khu dân cư 70 ha. Chủ tịch UBND tỉnh Ninh Bình Bùi Văn Thắng cho biết, năm 2008 khu du lịch Bái Đính đã tổ chức thành công Đại hội Phật giáo Thế giới khiến lượng du khách trong nước và quốc tế đến đây tăng mạnh. Năm 2008, Ninh Bình đón hàng triệu lượt người tới tham quan du lịch và sáu tháng đầu năm nay, Ninh Bình đón gần 1,3 triệu lượt khách du lịch. Trong những tháng đầu năm 2009, có những thời điểm tại khu du lịch Bái Đính diễn ra tình trạng tắc đường, kẹt xe hàng km. Mỗi ngày, riêng điểm chùa Bái Đính đón khoảng hàng chục nghìn lượt người đến tham quan. Vì thế, việc mở rộng quy hoạch để khu du lịch Bái Đính mang tầm quốc gia, quốc tế là phù hợp nhu cầu thực tế của địa phương. Sau khi tỉnh Ninh Bình phê duyệt quy hoạch chi tiết khu du lịch Bái Đính - Tràng An với tổng diện tích 539,2 ha, huyện Gia Viễn và xã Gia Sinh đã tiến hành thông báo cho một số hộ dân nằm trong vùng quy hoạch tạm dừng xây dựng các công trình, giữ nguyên hiện trạng để chuẩn bị bàn giao cho Nhà nước. Phần lớn hộ dân tại đây đã thực hiện nghiêm túc và nhận đất ở khu tái định cư để xây dựng nhà ở. Đáng tiếc, một số ít hộ không chấp hành chủ trương mà còn cơi nới xây dựng công trình với quy mô lớn hơn. Họ còn ngang nhiên thách thức cơ quan chức năng, ngoan cố mở rộng công trình tại khu vực đã thông báo trong diện quy hoạch. Không dừng lại ở đó, một vài hộ còn cung cấp tài liệu không đúng sự thật tới một vài nơi, gây nhiễu thông tin và làm ảnh hưởng uy tín của các cơ quan Đảng và Nhà nước. Qua điều tra của chúng tôi, nhiều người dân ở đây cho biết: Một số hộ dân cơi nới công trình với mục đích đòi Nhà nước bồi thường số tiền lớn hơn. Thậm chí, họ còn nuôi ý định kinh doanh đất được đền bù khi giải phóng mặt bằng. Chúng tôi đã đến khảo sát khu tái định cư thì thấy quả là khu đất lý tưởng nằm ngay cạnh hồ phóng sinh trong khu du lịch. Hiện nay, giá trị một lô đất ở đây cao gấp nhiều lần giá đất cũ ở Quèn Nghè và khu Cầu Đen, thậm chí một số tuyến phố trong thành phố Ninh Bình có giá trị thấp hơn đất ở khu vực này, bởi nơi đây có vị trí lý tưởng để phát triển dịch vụ du lịch như nhà nghỉ, khu ăn uống... Những lợi ích của việc phát triển du lịch ở khu Bái Đính - Tràng An đối với nhân dân xã Gia Sinh, huyện Gia Viễn và tỉnh Ninh Bình là rất đáng ghi nhận. Đó là việc hàng nghìn lao động nông thôn có việc làm, thu nhập ổn định và cao gấp nhiều lần so với nghề nông. Còn đối với tỉnh thì nguồn thu ngân sách cũng tăng đáng kể từ hoạt động du lịch, dịch vụ này. Việc một số hộ dân ở Quèn Nghè và khu vực Cầu Đen cố tình chây ỳ không bàn giao mặt bằng, xây dựng trái phép trên diện tích đất đã được quy hoạch cần phải được điều tra, xử lý nghiêm, kiên quyết chỉ đền bù theo đúng hiện trạng ban đầu.