39 bị cáo bị truy tố với ba nhóm tội danh "Thiếu trách nhiệm gây hậu quả nghiêm trọng"; "Vi phạm các quy định về nghiên cứu, thăm dò, khai thác tài nguyên" và "Tiêu thụ tài sản do người khác phạm tội mà có". Trong đó, bảy bị cáo nguyên là lãnh đạo của Công ty TNHH một thành viên than Mạo Khê bị truy tố về tội "thiếu trách nhiệm gây hậu quả nghiêm trọng" gồm: Nguyễn Viết Ngự (SN 1958), nguyên Giám đốc và nguyên các Phó Giám đốc Trần Văn Thiện (SN 1963), Uông Hồng Hải (SN 1963), Nguyễn Văn Tuân (SN 1979), Phạm Văn Khôi (SN 1970), cùng hai bị cáo Lê Khắc Hùng (SN 1957) nguyên Trưởng phòng bảo vệ, Phạm Duy Nghĩa (SN 1970) nguyên Phó Trưởng phòng bảo vệ. Riêng bị cáo Lê Khắc Hùng còn bị truy tố tội "nhận hối lộ".
Theo cáo trạng của Viện Kiểm sát nhân dân tỉnh: Trong các ngày từ 13 đến 17-2-2010 (tức 30 đến mùng 4 Tết Canh Dần), bảy bị cáo nói trên đã có hành vi không làm hết trách nhiệm để hàng chục đối tượng huy động gần 30 máy xúc cùng nhiều xe ô-tô và một số phương tiện khác vào khai thác than trái phép gần như cả ngày lẫn đêm tại hàng chục điểm như Trại Hà, Yên Sơn (xã Yên Thọ), Vĩnh Lâm, Đồi Sắn khu Vĩnh Phú, Vĩnh Tân thuộc thị trấn Mạo Khê và khu vực vỉa 7, 8 cánh nam, vỉa 9A và vỉa 10... nằm trong ranh giới quản lý của Công ty TNHH một thành viên than Mạo Khê. Tổng lượng than bị khai thác trái phép là hơn 28.000 tấn than nguyên khai với số tiền thiệt hại gần 17 tỷ đồng.
Ngay sau khi vụ mất trộm một lượng than "khổng lồ" được dư luận phanh phui, Giám đốc Công ty Nguyễn Viết Ngự đã chỉ đạo cấp dưới và các phòng, ban liên quan hợp thức hóa sổ sách để khớp với nhau nhằm "qua mặt" cơ quan chức năng. Công ty chỉ báo cáo có việc khai thác than trái phép nằm trong ranh giới công ty quản lý, nhưng không lớn và chỉ mất than vào thời điểm đêm tối.
Cáo trạng của Viện KSND tỉnh Quảng Ninh cũng khẳng định, Cơ quan điều tra Công an tỉnh Quảng Ninh sẽ tiếp tục điều tra làm rõ để xử lý một số cán bộ chính quyền địa phương và một số người thuộc cơ quan chức năng trên địa bàn, khi thành lập đoàn kiểm tra liên ngành sau thông báo về tình hình khai thác than trái phép xảy ra tại khai trường thuộc ranh giới Công ty than Mạo Khê quản lý, nhưng thiếu chặt chẽ, thiếu kiên quyết, kém hiệu quả, để thất thoát một lượng lớn tài nguyên quốc gia.
Dự kiến, phiên tòa diễn ra trong năm ngày (từ ngày 19 đến 23-9).