Vòng 2: XM.HP – Thể Công: 2-1
XM.HP được trọng tài Dương Văn Hiền “tha” không thổi 11m trong tình huống phạm lỗi của hậu vệ XM.HP với tiền đạo Thể Công trong vòng cấm ở hiệp 1. Sau đó, khi thủ môn Mạnh Dũng va chạm với Leandro ở giữa hiệp 2, trọng tài Dương Văn Hiền đã thẳng thừng chỉ tay vào chấm 11m và chính Leandro đã thực hiện thành công để ấn định chiến thắng 2-1 cho XM.HP.
Vòng 4: HA.GL – XM.HP: 3-2
Ở trận này XM.HP chịu thua HA.GL với tỷ số 2-3 nhưng trọng tài Trần Khánh Hưng bị “tố” là đã quá thiên vị XM.HP, khi bỏ qua và không rút thẻ phạt sau rất nhiều pha bóng thô bạo của các cầu thủ đội khách.
Vòng 7: XM.HP – XMCT.TH: 2-1
Sau khi kết thúc trận đấu, GĐĐH XMCT.TH Nguyễn Hữu Thành đã lao lên bàn giám sát để phản đối vì cho rằng đội bóng của mình bị xử ép, khiến XMCT.TH bị thua ngược sau khi đã dẫn trước 1-0. Người bắt trận đó là trọng tài Hoàng Anh Tuấn (Hà Nội). Tuy nhiên, cáo buộc của ông Thành đã không được giải đáp một cách thỏa đáng.
Vòng 16: M.NĐ – XM.HP: 2-1
Trận này XM.HP coi như bị thua oan uổng bởi bàn nâng tỷ số lên 2-0 của Amaobi (sau đó Minh Đức rút ngắn xuống còn 1-2 cho XM.HP) đã được thực hiện ở tư thế việt vị mười mươi nhưng trợ lý trọng tài thứ 2 đã không phất cờ.
Vòng 19: TĐCS.ĐT – XM.HP: 0-1
Đây là trận đấu mà trọng tài Nguyễn Trọng Thư bị chủ nhà cáo buộc đã thiên vị XM.HP từ đầu tới cuối và góp phần trực tiếp dẫn tới thất bại của TĐCS.ĐT. Ở lượt đi tại sân Lạch Tray, Đồng Tháp cũng bị 1 quả penalty nhưng Elenildo sút hỏng.