Tuy mô hình tự hạch toán được Nhà nước triển khai sâu rộng nhưng các hoạt động xuất bản cũng đã gặp phải những vướng mắc từ trong nội tại của cơ chế cũ. Sự chuyển đổi sang mô hình tổ chức mới đã dẫn đến những bất cập cho ngành xuất bản. Thị trường mở cửa, kéo theo nạn in sách lậu tràn lan. Khủng hoảng kinh tế toàn cầu khiến giá giấy, mực, công in tăng vọt.
Bên cạnh đó, văn hóa đọc ngày càng "mất thê" trước văn hóa nghe nhìn và đang mất dần chỗ đứng trong lòng bạn đọc. Các Nhà sách tư nhân mọc lên ồ ạt, chiếm lĩnh và "bao sân" thị trường sách. Những bản thảo "hot" đã được họ "săn lùng" ráo riết để xác lập thương hiệu trên thị trường. Hơn nữa, thời đại hội nhập toàn cầu, các nhà văn đã tự biết quảng bá tác phẩm của mình tới đông đảo bạn đọc bằng những loại hình hiện đại như Internet, Blog…
Chỉ cần ngồi một chỗ click chuột vào "google", bạn đọc đã có thể tìm thấy hàng nghìn kết quả về cuốn sách mình cần tìm… Cán bộ xuất bản phải rất chật vật trong việc đi tìm nguồn sách để đủ cho định mức tối thiểu được giao khoán.
Trước tình trạng đó, đã có giám đốc nhà xuất bản xin từ chức vì không kham nổi vai trò của một "đầu tàu", có vị phó giám đốc thì từ chối nhậm chức giám đốc vì tin rằng thay đổi lãnh đạo không phải là cách tốt nhất để vực dậy những vấn đề nan giải của ngành xuất bản trong cơ chế mới.
Trước tình hình này, ngày 3/6 vừa qua, tại Hà Nội, Ban Tuyên giáo Trung ương phối hợp với Bộ Thông tin và Truyền thông tổ chức Hội nghị xây dựng mô hình nhà xuất bản trước yêu cầu mới để mong tìm ra một hướng đi, một mô hình nhà xuất bản khả dĩ có thể phù hợp với thời đại mới, yêu cầu mới.
Hội nghị đã tập trung thảo luận 3 vấn đề: Vấn đề xây dựng loại hình (mô hình chức năng) của NXB, cơ cấu tổ chức của các NXB và cung cách chuyển đổi từ doanh nghiệp Nhà nước sang công ty trách nhiệm hữu hạn một thành viên vốn nhà nước. Tuy nhiên, những trao đổi, thảo luận xung quanh vấn đề tìm mô hình cho xuất bản và những vấn đề cấp bách đặt ra cho nó vẫn chưa thể giải quyết trong một sớm một chiều.
Có chăng Hội nghị chỉ là cách giúp những người làm xuất bản có cái nhìn đầy đủ hơn về thực trạng khó khăn của ngành để dần tìm ra những giải pháp trong thời gian tới