Theo thống kê của Bộ GD-ĐT, đợt thi này có lượng hồ sơ ảo chiếm hơn 30%, tăng hơn so với đợt thi đầu. Chỉ có hơn 580.000 thí sinh tới làm thủ tục dự thi vào 98 đại học, học viện, giảm hơn 6.000 thí sinh so với cùng kỳ năm 2008.
Các trường thi khối C, khối có tới 3 môn xã hội, việc trông thi sẽ được làm chặt chẽ và kiên quyết xử lý những trường hợp thí sinh có sử dụng “phao”. Do đó, ông Ngô Kim Khôi, Phó vụ trưởng Vụ Giáo dục ĐH, Phó trưởng Ban tổ chức các kỳ thi năm 2009 (Bộ GD-ĐT) cũng cảnh báo vì đây là đợt thi có nhiều khối, nhiều môn thi, trong đó có nhiều môn thi tự luận. Vì vậy, có thể các em sẽ mang nhiều phao vào phòng thi hoặc có thể mắc vi phạm như nhìn bài, trao đổi bài.
Ông Khôi cũng đặc biệt nhấn mạnh với các thí sinh, thí sinh cần phải nắm vững quy chế thi để tránh những vi phạm do sơ suất. Quy chế tuyển sinh ĐH, CĐ đã quy định rõ, thí sinh mang tài liệu vật dụng trái phép vào phòng thi, dù sử dụng hay chưa sử dụng đều bị đình chỉ thi. Rút kinh nghiệm từ thực tế tuyển sinh những năm qua, nhiều trường hợp thí sinh mang “phao” vào phòng thi dù không sử dụng nhưng vẫn bị giám thị phát hiện và bị đình chỉ. Do đó, thí sinh đặc biệt phải tuân thủ quy định này, quy định này được áp dụng cho tất cả các trường hợp không có trường hợp ngoại lệ.
Thông thường trong đợt 2 kỳ thi tuyển sinh ĐH, CĐ hàng năm, thí sinh hay vi phạm các lỗi như nhìn bài, trao đổi bài với bạn. Với các lỗi này, chỉ phạm lỗi một lần thí sinh đã bị khiển trách và sẽ bị trừ 25% số điểm thi của môn đó. Thi sinh cũng sẽ bị cảnh cáo nếu vi phạm các lỗi như: đã bị khiển trách một lần nhưng trong giờ thi môn đó vẫn tiếp tục vi phạm quy chế, trao đổi bài làm hoặc giấy nháp cho bạn, chép bài của người khác. Thí sinh bị cảnh cáo môn nào sẽ bị trừ 50% số điểm thi của môn đó.
Ở kỳ thi này, bảng tuần hoàn hóa học, Atlat Địa lý không được mang vào phòng thi. Chỉ có hình tròn mới được vẽ bằng compa bút chì nên những em vẽ đồ thị bằng bút chì có nghĩa là phạm quy và giáo viên phải chấm tập thể bài đó.
Đối với các môn văn hóa, sau khi làm phần chung dành cho tất cả thí sinh, các em chỉ được chọn một phần riêng thích hợp để làm. Nếu em nào làm cả hai phần riêng là vi phạm quy chế và bài đó chỉ được chấm điểm phần chung.
Để ngăn chặn và hạn chế các trường hợp thi hộ, Chánh thanh tra Bộ GD-ĐT Nguyễn Văn Chiến cho hay, các trường sẽ tăng cường đối chiếu thông tin của thí sinh, tăng cường kỷ luật phong thi. Ngoài ra sẽ có 10 đoàn của thanh tra và 4 đoàn của lãnh đạo Bộ xuống các điểm thi kiểm tra tình hình.