Hà Nội là địa phương được chọn làm thí điểm nhiều nhất, sớm nhất và cơ bản đã hoàn thành. Bên cạnh nhiều thuận lợi như có sự chỉ đạo sâu sát, cụ thể của Thành ủy và các ban đảng, sự nhận thức đúng đắn về chủ trương mới của Trung ương tại hầu hết các quận, huyện, thị ủy, đảng ủy cấp trên... công tác thí điểm cũng gặp không ít khó khăn.
Theo Ban Tổ chức Thành ủy, tỷ lệ người trẻ tham gia cấp ủy ở nhiều đảng bộ chưa đạt yêu cầu. Nhiều doanh nghiệp, đơn vị lực lượng vũ trang, số lượng đảng viên dưới 30 tuổi tham gia cấp ủy còn thấp; trong đó 93/113 đảng bộ không có đảng viên trẻ tham gia cấp ủy, khoảng 5,2%.
Phát biểu tham luận tại hội nghị, đồng chí Trần Thị Thu Hường, bí thư chi bộ phường Quảng An (quận Tây Hồ) cho rằng, khó khăn trong việc tổ chức bầu trực tiếp chính là tư tưởng cục bộ địa phương ( dòng họ), nhiều đảng viên còn ngại và né tránh. Ông Phan Minh Nguyệt, đại biểu khối doanh nghiệp Hà Nội cũng thẳng thắn phát biểu, ở một số doanh nghiệp không có đảng bộ nhưng vẫn tăng trưởng trên nhiều lĩnh vực, trong khi nhiều doanh nghiệp khác có đầy đủ cơ cấu đảng bộ lại không phát triển mấy. “Do vậy cần đổi mới hoạt động đảng bộ tại các doanh nghiệp để các doanh nghiệp thực sự đóng góp vào công cuộc xây dựng và phát triển công nghiệp hóa, hiện đại hóa đất nước.
Theo đồng chí Nguyễn Khả Hùng, Bí thư huyện ủy Đông Anh, hiện nay vẫn tập trung việc chọn những đơn vị khá trở lên, không có mâu thuẫn, mất đoàn kết nội bộ để thí điểm bầu cử trực tiếp. Theo đồng chí Nguyễn Khả Hùng, “Nếu đưa các đơn vị đảng bộ còn yếu kém thì tỷ lệ thành công là 5-5”. Đồng chí Phó Bí thư Thành ủy Hà Nội, Tưởng Huy Chiến, nhấn mạnh, thời gian tới, việc bầu trực tiếp sẽ phải được tiến hành một cách thận trọng, chặt chẽ, bảo đảm đúng quy trình. Ở những nơi còn tình trạng mất đoàn kết nội bộ, hay trình độ đảng viên hạn chế thì cần phải được giải quyết tốt trước khi tổ chức việc bầu cử.