Đảng bộ tỉnh Phú Yên hiện có 14 đảng bộ trực thuộc với 601 tổ chức cơ sở đảng, trong đó có 112 tổ chức cơ sở đảng xã, phường, thị trấn. 100% thôn, buôn, khu phố và 80,6% trường học trong tỉnh có chi bộ đảng hoạt động. Toàn Đảng bộ tỉnh có 24.997 đảng viên.