Qua việc tổ chức đại hội thí điểm, Tỉnh ủy Phú Thọ rút ra một số kinh nghiệm. Đó là: Các cấp ủy phải coi trọng và tổ chức tốt việc quán triệt sâu sắc nội dung, yêu cầu, quan điểm chỉ đạo của Trung ương và cấp ủy cấp trên đối với công tác tổ chức đại hội đảng bộ nói chung, nhất là việc thực hiện thí điểm chủ trương của Bộ Chính trị; nâng cao nhận thức, tinh thần trách nhiệm của tập thể và mỗi cá nhân cấp ủy; tạo sự nhất trí cao trong cán bộ, đảng viên và sự đồng thuận của nhân dân. Từ đó xây dựng kế hoạch và hệ thống các văn bản hướng dẫn tổ chức thực hiện cụ thể phù hợp đặc điểm tình hình của địa phương, đơn vị mình. Cấp ủy cấp trên cần theo dõi sát sao, cho ý kiến chỉ đạo cụ thể giúp cấp ủy cơ sở xây dựng được văn kiện trình đại hội và xây dựng phương án nhân sự của đại hội, bảo đảm chất lượng; nắm chắc và xử lý các vấn đề phát sinh trong quá trình tổ chức thực hiện, đặc biệt là những nơi có vấn đề về cán bộ và mất đoàn kết nội bộ. Cũng qua thực tế tổ chức đại hội thí điểm, công tác nhân sự của đại hội cần được chỉ đạo chặt chẽ, chuẩn bị kỹ, thận trọng, đúng quy trình, kết hợp giữa công tác tổ chức với công tác tư tưởng. Những nơi cán bộ chủ chốt chưa được mạnh hoặc tín nhiệm không cao phải có phương án cụ thể kịp thời khi có tình huống xảy ra, tránh bị động, lúng túng hoặc sai nguyên tắc.
Lần đầu tiên tổ chức thí điểm bầu trực tiếp, một số đồng chí Bí thư Huyện ủy đã xuống tận chi bộ họp và chỉ đạo công tác chuẩn bị đại hội, nên cơ bản các đơn vị đều tổ chức thành công. Ban Thường vụ Tỉnh ủy Phú Thọ đã chuẩn hóa sáu chức danh chủ chốt ở cấp phường, xã phải bảo đảm có trình độ trung cấp chuyên môn và trung cấp lý luận chính trị. Đây là yêu cầu khá cao đối với cấp xã, tuy nhiên bằng nỗ lực của cấp ủy, chính quyền các cấp nên Phú Thọ đã thành công trong lĩnh vực này. Nét nổi bật trong việc đại hội thí điểm vừa qua ở Phú Thọ là công tác chuẩn bị nhân sự dựa trên nguyên tắc: sớm, chặt chẽ, đồng bộ, tập trung, kiên quyết và kết hợp phát huy cao độ dân chủ ở cơ sở.
Tỉnh ủy Phú Thọ cũng nhận thấy những thiếu sót trong công tác này như: Đây là vấn đề mới nên trong quá trình vận dụng thực hiện văn bản hướng dẫn của cấp trên, một số cấp ủy cơ sở còn lúng túng, bị động; năng lực và kinh nghiệm tổ chức đại hội của một số cán bộ cấp ủy cơ sở còn hạn chế. Bên cạnh đó, việc tổ chức tập huấn, bồi dưỡng nghiệp vụ và kỹ năng tổ chức, điều hành đại hội ở một số nơi chưa cụ thể, nhất là về công tác bầu cử cấp ủy, bầu đoàn đại biểu dự đại hội đảng bộ cấp trên, lấy ý kiến biểu quyết của đại hội; việc nắm tình hình, phát hiện và xử lý thông tin của cấp ủy và cơ quan chức năng chưa kịp thời.