Chương trình phối hợp giai đoạn 2011-2015 gồm 4 nội dung lớn. Đó là tuyên truyền, phổ biến các chủ trương, chính sách của Đảng, Nhà nước về khoa học, công nghệ và nâng cao nhận thức cho đoàn viên thanh niên về vai trò của khoa học và công nghệ trong thời kỳ CNH-HĐH đất nước; tổ chức các hoạt động ứng dụng và chuyển giao khoa học công nghệ vào sản xuất, kinh doanh và dịch vụ; tiếp tục tổ chức các hoạt động bồi dưỡng tài năng trẻ và phát huy nguồn lực thanh niên trong lĩnh vực khoa học và công nghệ; phối hợp triển khai các chương trình, dự án.
Triển khai chương trình, đối tượng đoàn viên, thanh niên đặc biệt là đội ngũ doanh nhân trẻ được động viên đi đầu trong cải tiến, đổi mới công nghệ nhằm tăng năng suất, tiết kiệm nguyên liệu và bảo vệ môi trường. Các lớp tập huấn nâng cao nhận thức về khoa học công nghệ sẽ được tăng cường cùng với việc xây dựng các mô hình ứng dụng, chuyển giao khoa học công nghệ trong thanh niên, tập trung tại các huyện nghèo khu vực Tây Bắc, Tây Nguyên, miền tây các tỉnh Thanh Hóa, Nghệ An, duyên hải miền Trung và đồng bằng sông Cửu Long.
Chương trình phối hợp cũng tạo điều kiện để nhân rộng các mô hình ứng dụng tiến bộ khoa học có hiệu quả của thanh niên đặc biệt là trong lĩnh vực nông nghiệp, nông thôn; duy trì tổ chức các cuộc thi sáng tạo, sáng kiến cải tiến công nghệ. Các tỉnh đoàn, thành đoàn sẽ là đơn vị chủ động xây dựng các dự án có tính khả thi thực hiện “Chương trình hỗ trợ ứng dụng và chuyển giao khoa học và công nghệ phục vụ phát triển kinh tế - xã hội nông thôn và miền núi giai đoạn 2011-2015”, trong đó tập trung vào 62 huyện có tỷ lệ hộ nghèo cao nhất nước.