Sau khi khống chế các vệ sĩ bảo vệ, hơn chục binh sĩ quân đội đã xông vào tư gia Tổng thống M.Giê-lay-a và bắt giữ ông khi còn đang trong bộ đồ ngủ. Tổng thống sau đó bị đưa lên máy bay tới Cốt-xta Ri-ca và buộc phải tị nạn chính trị tại đây. Cuộc đảo chính bất ngờ và chớp nhoáng được Tòa án tối cao bật đèn xanh vì cho rằng Tổng thống đã vi phạm hiến pháp và pháp luật khi có kế hoạch tổ chức trưng cầu dân ý về việc thay đổi hiến pháp nhằm duy trì quyền lực. Hiến pháp Ôn-đu-rát chỉ cho phép các tổng thống giữ tối đa một nhiệm kỳ. Quốc hội Ôn-đu-rát cũng phản đối kế hoạch của tổng thống và tuyên bố đã bỏ phiếu phế truất ông vì ông “coi thường các mệnh lệnh và quyết định của các cơ quan nhà nước”.
Ngoại trưởng Ôn-đu-rát Pa-tri-xi-a Rô-đát cũng bị quân đội bắt giữ. Tình trạng rối loạn nhanh chóng xảy ra tại thủ đô Tê-gu-xi-gan-pa khi quân đội được huy động khắp đường phố để trấn áp đám đông biểu tình ủng hộ Tổng thống. Lệnh giới nghiêm được áp đặt trên toàn quốc từ 21 giờ ngày 28 đến 6 giờ ngày 29-6. Điện, kênh truyền hình chính phủ và điện thoại tới dinh tổng thống nhanh chóng bị phong tỏa trong khi các cửa hàng phải đóng cửa.
Dấu hiệu khủng hoảng đã xuất hiện từ nhiều ngày trước khi xảy ra cuộc đảo chính sau khi Tổng thống cách chức người đứng đầu các lực lượng vũ trang, tướng Rô-mê-ô Va-xkê, vì từ chối giúp Tổng thống tổ chức cuộc trưng cầu dân ý không chính thức để kéo dài thêm một nhiệm kỳ. Tòa án tối cao đã bác bỏ đề xuất thay đổi hiến pháp của tổng thống và yêu cầu ông phục chức cho tướng Va-xkê nhưng bị từ chối.
Đằng sau cuộc đảo chính ở Ôn-đu-rát vẫn còn nhiều tranh cãi. Ngoài khả năng đây là kết cục của cuộc tranh giành quyền lực trên chính trường Ôn-đu-rát, những thành tích khiêm tốn trong điều hành đất nước của Tổng thống M.Giê-lay-a cũng được tính tới. Với cam kết tranh cử tiêu diệt các băng đảng tội phạm hoành hành và nạn đói nghèo ở Ôn-đu-rát, một trong những quốc gia nghèo đói nhất Trung Mỹ, ông M.Giê-lay-a đã thắng cử với tỉ lệ sít sao trong cuộc bầu cử tổng thống năm 2005. Tuy nhiên, trong thời gian qua, tình trạng giá lương thực vẫn tăng cao đã làm trầm trọng thêm tình trạng đói nghèo cùng nạn tội phạm liên quan tới ma túy gia tăng tại Ôn-đu-rát. Kinh tế tăng trưởng chậm với tỉ lệ thất nghiệp lên tới 28%, bất bình đẳng lớn trong phân phối tài sản, mức lương bình quân rất thấp và nhiều người vẫn đang phải sống dưới mức nghèo khổ, đang là thách thức nghiêm trọng đối với chính quyền của Tổng thống M.Giê-lay-a.
Tổng thống M.Giê-lay-a bắt đầu mất dần sự ủng hộ ngay trong chính nội bộ đảng mình. Hồi tháng 5-2007, ông đã ra lệnh cho tất cả các đài truyền hình và phát thanh của đất nước phải thực hiện một chiến dịch tuyên truyền tích cực về chính phủ mỗi ngày trong 2 tiếng đồng hồ. Tổng thống cáo buộc các cơ quan truyền thông này đã đăng tải những tin tức thiếu công bằng về chính phủ do ông đứng đầu.
Vốn là người theo quan điểm trung tả và từ giã tính đồng minh truyền thống với Mỹ, ông M.Giê-lay-a ra tranh cử tổng thống Ôn-đu-rát và nhận được sự ủng hộ của các nhà lãnh đạo cánh tả khác ở Mỹ La-tinh. Tháng 8 năm ngoái, chính Tổng thống M.Giê-lay-a đã đưa Ôn-đu-rát gia nhập tổ chức “Sự lựa chọn Bô-li-vi-a cho châu Mỹ” (ALBA). ALBA được thiết lập theo sáng kiến của Vê-nê-xu-ê-la và Cu-ba được coi như sự lựa chọn thay thế cho kế hoạch bị đóng băng của Mỹ thành lập Khu vực Thương mại tự do châu Mỹ do Oa-sinh-tơn đề xuất. Vì vậy có những nghi ngờ rằng, Mỹ đứng sau cuộc đảo chính ở Ôn-đu-rát. Để bác bỏ sự nghi ngờ này, lập tức nữ Ngoại trưởng Mỹ Hi-la-ri Clin-tơn đã lên tiếng lên án cuộc đảo chính trên, còn đại sứ Mỹ tại Ôn-đu-rát khẳng định Oa-sinh-tơn chỉ thừa nhận ông M.Giê-lay-a là Tổng thống của Ôn-đu-rát và yêu cầu để nhà lãnh đạo này trở lại cầm quyền.
Quốc hội Ôn-đu-rát loan tin đã nhận được thư từ chức của Tổng thống Giê-lay-a và không coi đây là “đảo chính” mà chỉ là một cuộc “chuyển giao quyền lực”. Thế nhưng, Tổng thống bị phế truất M.Giê-lay-a từ Cốt-xta Ri-ca đã phủ nhận thông tin trên, đồng thời tuyên bố ông là nạn nhân của một vụ “đảo chính”. Ông tuyên bố sẽ tiếp tục tại vị đến hết nhiệm kỳ. Ông M.Giê-lay-a đã gặp gỡ với Tổng thống U-gô Cha-vết và các nhà lãnh đạo khu vực tại cuộc họp khẩn của ALBA tại Ni-ca-ra-goa về cuộc chính biến ở Ôn-đu-rát và tìm kiếm sự trợ giúp nhằm khôi phục quyền lực.
Ông M.Giê-lay-a giành được sự ủng hộ của tất cả các quốc gia trong khu vực cũng như các tổ chức trên thế giới. Các đồng minh cánh tả ở Mỹ La-tinh, các nước châu Âu và LHQ đều bày tỏ mối lo ngại đối với cuộc đảo chính cùng những nguy cơ sau đó. Tuy nhiên, ông M.Giê-lay-a cũng gặp phải bất lợi, đó là sự tẩy chay của 3 hệ thống quyền lực trong nước là Quốc hội, tòa án và quân đội, khiến cho con đường trở lại nắm quyền của ông thêm nhiều chông gai. Và nguy cơ đất nước Mỹ La-tinh này lâm vào cuộc khủng hoảng kéo theo các hệ lụy xấu đối với nền kinh tế bởi bế tắc chính trị là thấy rõ.