Hệ thống phòng chống cháy của động Phong Nha và Tiên Sơn được đầu tư lắp đặt vào năm 2005, với nhiều thiết bị như hệ thống đường ống dẫn nước, vòi rồng và các van khóa, mở khi cần thiết.
Ngoài việc phòng chống cháy trực tiếp trong hang động, hệ thống này còn phun sương tạo ẩm cho khu vực lối đi ở ngoài động và khu vực rừng xung quanh.
Đầu năm 2008, VQG Phong Nha - Kẻ Bàng tiến hành tu sửa đền thờ Tiên Sơn Cốc Tự nằm trước cửa động Phong Nha. Trong quá trình tu sửa, một phần của hệ thống phòng chống cháy (gồm 60m ống phun nước, 60m ống phun sương tạo ẩm) bị vật liệu của công trình làm giập nát, dẫn đến toàn bộ hệ thống phòng chống cháy của hai hang động nói trên bị tê liệt hoàn toàn.
Theo nhiều cán bộ nhân viên của VQG Phong Nha - Kẻ Bàng, nguy cơ cháy ở đây rất cao. Ngoài những ngôi nhà lá dùng làm quán hai bên đường đi, ở đây, về mùa hè rất hanh khô, khu vực rừng kề sát động sẽ rất dễ bắt lửa, nếu du khách nào đó vô ý vứt một mẩu tàn thuốc lá không đúng chỗ.
Ông Nguyễn Hữu Thái, trưởng phòng quản lí hang động thuộc Trung tâm Du lịch Sinh thái và Văn hóa (VQG Phong Nha - Kẻ Bàng) cho biết: “Phòng đã nhiều lần làm tờ trình đề xuất lên lãnh đạo vườn, nhưng đã 3 năm nay mọi việc vẫn chưa được giải quyết. Tôi đã nhiều lần đề xuất nhưng hình như chưa được quan tâm” - Ông Thái nói.