Chỉ vài giờ sau khi Tổng thống Manuel Zelaya bị quân đội tiến hành đảo chính, Chủ tịch Quốc hội Honduras Roberto Micheletti đã tuyên thệ nhậm chức Tổng thống lâm thời. Ông Roberto Micheletti sẽ đảm nhận chức vụ này cho tới khi các cuộc bầu cử được tổ chức. Quốc hội cho biết, ông Roberto Micheletti sẽ làm Tổng thống lâm thời cho tới ngày 27/1/2010, thời điểm nhiệm kỳ của ông Manuel Zelaya hết hạn.
Tổng thống Manuel Zelaya bị quân đội lật đổ sau những cuộc đấu tranh quyền lực ở Honduras liên quan đến kế hoạch sửa đổi Hiến pháp. Ông Manuel Zelaya đang kêu gọi người dân Honduras chống lại những kẻ đã lật đổ mình. Tuy nhiên, Quốc hội Honduras tuyên bố, đã bỏ phiếu phế truất ông Manuel Zelaya bởi Tổng thống liên tục vi phạm Hiến pháp và luật pháp, coi thường các mệnh lệnh và quyết định của các cơ quan nhà nước. Thậm chí, Tòa án Tối cao Honduras còn ra lệnh cho quân đội lật đổ Tổng thống Manuel Zelaya vì kế hoạch trưng cầu kéo dài nhiệm kỳ là bất hợp pháp.
Ngày 29/6, Đại hội đồng Liên hợp quốc họp khẩn cấp để thảo luận về tình hình bất ổn chính trị ở Honduras. Tổ chức Các nước châu Mỹ đã tổ chức một cuộc họp khẩn sau sự kiện này. Mỹ cũng đang nỗ lực để bảo đảm sự an toàn cho Tổng thống Honduras cùng người thân, cũng như gây áp lực để phục chức cho ông Manuel Zelaya. Mỹ cũng lên tiếng bác bỏ mọi sự dính líu tới cuộc đảo chính quân sự sau khi Tổng thống Venezuela Hugo Chavez cáo buộc Washington can thiệp vào quốc gia Trung Mỹ này.
Hiện Tổng thống Manuel Zelaya đang sống tại Costa Rica. Nhiều quốc gia châu Mỹ khác cũng không ủng hộ cuộc đảo chính kể trên