Căn cứ Quyết định số 229/1999/QĐ-TTg của Thủ tướng Chính phủ về việc ban hành Quy chế quản lý, bảo vệ các vùng an toàn khu, Chủ đầu tư dự án - UBND huyện Yên Lập thành lập Ban quản lý dự án 229 (BQL) nhằm hỗ trợ phát triển kinh tế - xã hội đối với các vùng an toàn khu huyện Yên Lập. BQL dự án mở tài khoản giao dịch tại kho bạc Nhà nước huyện Yên Lập, sử dụng con dấu của Phòng Tài chính - Kế hoạch huyện, nguồn kinh phí hoạt động theo chế độ quy định của Nhà nước. Thành viên BQL dự án gồm Đỗ Đức Hà, Trưởng phòng tài chính kiêm trưởng ban; Đinh Công Tiến, cán bộ phòng kiêm phó ban; Trần Anh Phong, cán bộ phòng kiêm kế toán; Nguyễn Ngọc Thịnh và Trần Thị Quang là cán bộ kiêm thủ quỹ.
Những sai phạm tại BQL dự án này bắt đầu từ năm 2005, tuy nhiên trong thời gian dài không bị phát hiện bởi có sự cấu kết chặt chẽ giữa các thành viên trong BQL. Đến năm 2009 khi các trinh sát Phòng CSĐT tội phạm về Trật tự quản lý kinh tế và chức vụ Công an Phú Thọ vào cuộc các sai phạm mới bị vạch trần. Kết quả điều tra cho thấy, BQL chi phí sai nguyên tắc, trái với quy định của Bộ Tài chính về hướng dẫn, quản lý sử dụng chi phí BQL dự án đầu tư của các dự án sử dụng vốn ngân sách Nhà nước thuộc nhóm 2. Theo lời khai của các kế toán, thủ quỹ; mọi việc đều làm theo "chỉ đạo miệng" của Đỗ Đức Hà, trong khi với công việc hằng ngày, hơn ai hết họ nắm rất rõ nghiệp vụ tài chính và nguyên tắc chi tiêu.
Hầu hết hành vi cố ý làm trái quy định của Nhà nước về quản lý kinh tế của các bị can chủ yếu là chi sai nguyên tắc, rút tiền mặt nhưng không làm thủ tục nhập vào quỹ của BQL dự án... Điển hình, Nguyễn Ngọc Thịnh, nguyên thủ quỹ BQL, trong năm 2005 và 2006 rút từ kho bạc Nhà nước huyện Yên Lập hơn 700 triệu đồng, nhưng toàn bộ số tiền này đều không có chứng từ sổ sách chi, chi sai nguyên tắc 150 triệu đồng. Phó BQL dự án Đinh Công Tiến, trong năm 2007 rút gần 500 triệu đồng từ kho bạc nhưng để ngoài sổ sách, chi không đúng dự toán phê duyệt. Những khoản chi trái nguyên tắc này được "phù phép" bằng chấm công làm thêm giờ... Một thủ quỹ khác của BQL dự án là Trần Thị Quang cũng bị khởi tố do từ năm 2008 đã chi sai nguyên tắc gần 100 triệu đồng.
Yên Lập là huyện nghèo của tỉnh Phú Thọ, số tiền hơn nửa tỷ đồng thất thoát không phải nhỏ