Theo kế hoạch của KTNN, việc đánh giá trên sẽ thông qua một số cuộc kiểm toán chuyên đề theo định hướng như: Kiểm toán việc quản lý và sử dụng kinh phí hỗ trợ lãi suất cho các tổ chức, cá nhân vay vốn ngân hàng; tình hình huy động, quản lý và sử dụng vốn trái phiếu Chính phủ giai đoạn 2006-2009…
Ngoài ra, KTNN cũng sẽ thực hiện kiểm toán theo thứ tự ưu tiên: Ngân sách nhà nước; các dự án đầu tư bằng nguồn vốn ngân sách nhà nước và vốn ODA; việc quản lý và sử dụng vốn nhà nước tại các tập đoàn, các tổng công ty nhà nước, các tổ chức tài chính-ngân hàng.
Đối với lĩnh vực ngân sách nhà nước, KTNN sẽ kiểm toán 32 tỉnh, thành phố trực thuộc trung ương; 14 bộ, ngành, cơ quan Trung ương và 10 tổ chức chính trị xã hội, nghề nghiệp nhận hỗ trợ kinh phí từ ngân sách nhà nước. Đối với lĩnh vực đầu tư xây dựng cơ bản, ngoài tiếp tục thực hiện kiểm toán 6 dự án chuyển tiếp từ năm 2009, KTNN tập trung kiểm toán 27 dự án đầu tư xây dựng cơ bản thuộc lĩnh vực xây dựng cơ sở hạ tầng giao thông, thủy lợi, điện và kiểm toán 4 chương trình, đề án. Về lĩnh vực doanh nghiệp và tổ chức tài chính-ngân hàng, KTNN sẽ tiến hành kiểm toán 28 đơn vị trên địa bàn cả nước.
Bên cạnh đó, KTNN cũng sẽ thực hiện kiểm toán 13 đầu mối trong lĩnh vực quốc phòng; an ninh, kiểm toán khối học viện, nhà trường...
Được biết, trong năm 2009, KTNN đã kiến nghị xử lý tài chính của 131 báo cáo kiểm toán với số tiền lên tới hơn 14.400 tỷ đồng. Trong năm 2010, quy mô kiểm toán dự kiến sẽ tăng không quá 10% so với năm 2009.