Theo đó, TCTD có thể bị đặt vào tình trạng kiểm soát đặc biệt khi lâm vào một trong những trường hợp sau: Có nguy cơ mất khả năng chi trả, được biểu hiện cụ thể như ba lần liên tiếp không đảm bảo tỷ lệ tối thiểu bằng 1 giữa tổng tài sản “Có” có thể thanh toán ngay trong khoảng thời gian 7 ngày tiếp theo và tổng tài sản “Nợ” phải thanh toán ngay trong thời gian 7 ngày tiếp theo đối với từng loại đồng tiền, vàng; Nợ không có khả năng thu hồi có nguy cơ mất khả năng thanh toán, được biểu hiện: Nợ xấu chiếm từ 10% trở lên so với tổng dư nợ cho vay hoặc từ 100% tổng vốn tự có trở lên trong vòng 3 tháng liên tiếp; hoặc TCTD có số lỗ lũy kế của TCTD lớn hơn 50% tổng số vốn điều lệ thực có và các quỹ.
Trong quá trình quản lý, thanh tra, kiểm tra, giám sát hoạt động hoặc qua báo cáo của TCTD, nếu thấy TCTD lâm vào tình trạng kiểm soát đặc biệt hoặc vi phạm nghiêm trọng các quy định của pháp luật về hoạt động ngân hàng hoặc các trường hợp khác dẫn đến tình trạng TCTD hoạt động không an toàn thì Thống đốc NHNN có quyền áp dụng các biện pháp giám sát đặc biệt đối với TCTD đó.
Thông tư cũng quy định trách nhiệm và quyền hạn của TCTD được đặt vào tình trạng kiểm soát đặc biệt. Theo đó, TCTD khi bị đặt vào tình trạng kiểm soát đặc biệt phải có văn bản báo cáo NHNN trong đó nêu rõ thực trạng tài chính, nguyên nhân và các biện pháp đã áp dụng hoặc dự kiến áp dụng để khắc phục; thiết lập kênh thông tin chính xác, đầy đủ, cập nhật, đảm bảo hoạt động thông suốt với Ban kiểm soát đặc biệt trong thời gian kiểm soát đặc biệt TCTD; về phía Ban lãnh đạo của TCTD cần phải có phương án tiết kiệm chi phí để hạn chế tổn thất về tài chính cũng như xây dựng phương án củng cố tổ chức và hoạt động trình ban kiểm soát đặc biệt thông qua đồng thời phải làm việc thường xuyên tại TCTD để triển khai thực hiện phương án củng cố tổ chức và hoạt động. Trong thời gian chịu kiểm soát đặc biệt, NHNN cũng nghiêm cấm TCTD cho phép chuyển nhượng cổ phần đối với TCTD cổ phần; chia cổ tức; cất dấu, tẩu tán, cầm cố, thế chấp, chuyển nhượng hoặc có bất cứ giao dịch nào liên quan đối với tài sản và các tài liệu, hồ sơ liên quan.
Thông tư quy định cụ thể thời gian kiểm soát đặc biệt tối đa là 02 năm kể từ ngày Quyết định đặt TCTD vào tình trạng kiểm soát đặc biệt của Thống đốc NHNN có hiệu lực. Khi TCTD hết hạn kiểm soát đặc biệt mà không được gia hạn; hoặc TCTD đã khắc phục hoặc không khắc phục được nguyên nhân đặt vào kiểm soát đặc biệt; hoặc trước khi kết thúc thời hạn kiểm soát đặc biệt, TCTD tổ chức lại theo các quy định có liên quan của pháp luật hiện hành thì Thống đốc NHNN sẽ ra Quyết định chấm dứt việc kiểm soát đặc biệt đối với TCTD.