Sau khi được bầu làm Tổng thống lâm thời Honduras, ông Roberto Micheletti đã ban bố lệnh giới nghiêm kéo dài 48 giờ, đồng thời phủ nhận cuộc đảo chính quân sự lật đổ Tổng thống Zelaya ; cho rằng, ông Zelaya đã bị bãi nhiệm đúng trình tự pháp luật. Ông Micheletti sẽ thay thế ông Zelaya lãnh đạo đất nước đến hết nhiệm kỳ, kết thúc vào ngày 27-1-2010. Hiện, Tổng thống bị phế truất Zelaya đang trú ở Nicaragua và kêu gọi những người ủng hộ ông tiến hành cuộc tuần hành hòa bình phản đối đảo chính quân sự và khẳng định ông vẫn là tổng thống hợp pháp của Honduras. Hãng Reuters ngày 29-6 cho biết, tình hình Thủ đô Tegucigalpatrở nên căng thẳng. Hàng trăm người ủng hộ ông Zelaya , một số người đeo mặt nạ và một số mang gậy, đã dựng các chướng ngại vật ngăn chặn đường vào dinh Tổng thống nước này. Người ta đã nghe thấy tiếng súng nổ ở khu vực gần dinh Tổng thống. Honduras là một trong những nước nghèo nhất ở Mỹ la-tinh. Nền kinh tế của đất nước với bảy triệu dân này chủ yếu dựa vào xuất khẩu cà-phê, dệt may và chuối. Sau khi lực lượng quân đội Honduras phế truất Tổng thống Zelaya , nhiều tổ chức quốc tế và các nước trên thế giới đã lên án vụ việc này và coi đây là cuộc "đảo chính quân sự". Venezuela và Cu-ba đã lên án mạnh mẽ cuộc đảo chính quân sự tại Honduras. Tổng thống Venezuela Hugo Chavez cho biết, đã đặt quân đội nước này trong tình trạng báo động. Ông Chavez khẳng định Venezuela chỉ công nhận Chính phủ của Tổng thống hợp hiến Zelaya tại Honduras. Bộ trưởng Ngoại giao Cu-ba B.Rô-đri-ghết cho rằng cuộc đảo chính quân sự ở Honduras là tội ác và tàn bạo, đòi khôi phục chức vụ ngay lập tức cho Tổng thống bị phế truất Zelaya . Các nước Mỹ la-tinh như Chile, Argentina, Ecuador... đều lên tiếng phản đối cuộc đảo chính quân sự tại Honduras và yêu cầu khôi phục lại chức vụ cho Tổng thống bị phế truất Zelaya . Chủ tịch Đại Hội đồng LHQ M.Đ.Brốc-man đã kịch liệt lên án cuộc đảo chính quân sự lật đổ Tổng thống Honduras M.Zelaya . Nhấn mạnh, đây là hành động tội phạm của quân đội nước CH Honduras, đã vi phạm trật tự hiến pháp, khi thực hiện một cuộc đảo chính chống lại Tổng thống Zelaya . Tổng Thư ký LHQ Ban Ki Mun, Nhóm Ri-ô và Tổ chức các nước châu Mỹ (OAS) đều lên án cuộc đảo chính quân sự tại Honduras và yêu cầu khôi phục chức vụ cho Tổng thống bị phế truất Zelaya . Hội đồng thường trực OAS đã thông qua nghị quyết lên án mạnh mẽ cuộc đảo chính quân sự chống lại chính phủ hợp hiến Honduras; nhấn mạnh sẽ không công nhận bất kỳ chính phủ nào được dựng lên từ cuộc đảo chính. Bộ Ngoại giao Pháp cho rằng cuộc đảo chính quân sự ở Honduras là không thể chấp nhận được và kêu gọi các bên tôn trọng các nguyên tắc và giá trị dân chủ. Thủ tướng Tây Ban Nha cũng lên án việc bắt giữ và trục xuất bất hợp pháp Tổng thống Honduras Zelaya và kêu gọi tôn trọng tiến trình dân chủ, khôi phục chức vụ cho tổng thống bị truất quyền. Tổng thống Mỹ B.Obama bày tỏ lo ngại sâu sắc về tình hình tại Honduras, đồng thời kêu gọi tất cả những lực lượng trong chính giới và xã hội ở Honduras tôn trọng các tiêu chuẩn dân chủ, quy định pháp luật và những nguyên tắc trong Hiến chương dân chủ Liên Mỹ. Liên hiệp châu Âu (EU) kêu gọi quân đội Honduras khôi phục trật tự hiến pháp nước này. Phát biểu ý kiến với các phóng viên bên lề hội nghị của Tổ chức An ninh và Hợp tác châu Âu (OSCE) ở đảo Cô-phu, Hy Lạp, Bộ trưởng Ngoại giao Czech Jan Kohout, nước đang giữ chức chủ tịch luân phiên EU, cho biết, EU lên án mạnh mẽ việc lực lượng vũ trang bắt giữ Tổng thống hợp hiến của CH Honduras.