Trước đó, Cơ quan CSĐT Công an Phú Yên đã khởi tố 17 bị can trong vụ án trên, gồm nhiều người từng đảm nhiệm chức vụ lãnh đạo các sở như Lương Ngọc Ái, 61 tuổi, nguyên Giám đốc Sở Kế hoạch - Đầu tư (KH-ĐT); Lê Mao, 67 tuổi, nguyên Phó Giám đốc Sở NN-PTNT kiêm Trưởng ban Quản lý dự án thủy lợi v.v… Nguyễn Thành Nam, 38 tuổi, chỉ huy công trường.
Dự án chỉnh trị cửa Đà Nông được UBND tỉnh Phú Yên phê duyệt đầu tư từ tháng 5/2000, có vốn đầu tư công trình lên tới gần 40 tỷ đồng. Mặc dù đã chi trên 23 tỷ đồng, nhưng sau một năm công trình đã sạt lở, hư hỏng, các hạng mục đã xây lắp không quyết toán được.
Giai đoạn 1 vụ án, tòa đã xử phạt tù Lê Mao 7 năm, Lương Ngọc Ái 7 năm tù và một số bị cáo khác từ 30 tháng đến trên 15 năm tù