Có thể khẳng định tới thời điểm này những lợi ích mà thủ tục hải quan điện tử (TTHQĐT) mang lại là điều không cần phải bàn cãi. Thực hiện thành công TTHQĐT đã mang lại nhiều lợi ích thiết thực cho doanh nghiệp (DN) và hải quan. Đối với DN, lợi ích được thể hiện qua việc tiết giảm thời gian, chi phí cho việc đi lại, chi phí về mặt giấy tờ (in ấn tờ khai)...