Theo Hamas, việc ngăn chặn diễn ra tại hải phận quốc tế, cách bờ biển Gaza hơn 150 km. Quân đội Israel từ chối nhận xét về tường trình và những người tổ chức đoàn tàu viện trợ nói họ mất liên lạc với đoàn tàu. Đoàn tàu gồm 6 chiếc, chở hơn 700 nhà hoạt động nhân quyền, định chuyển giao khoảng 10.000 tấn hàng đến Gaza, vốn đã bị Israel phong tỏa từ 2007, sau khi phong trào Hồi giáo Hamas nắm quyền tại Gaza, chỉ cho phép khoảng 15.000 tấn hàng viện trợ nhân đạo vào Gaza mỗi tuần.LHQ nói nhiêu đó ít hơn 1/4 nhu cầu tại đây. Đoàn tàu trương cờ Palestine cũng như cờ của các nước Hy Lạp, Ireland, Thụy Điển và Thổ Nhĩ Kỳ – những nước có tàu tham gia.
Đoàn tàu chở hàng viện trợ Gaza trương cờ của nhiều nước khi xuất phát, ngày 30.5, trên đường đến mục tiêu
Huwaida Arraf, chủ tịch Phong trào Gaza Tự do, trước đó nói với hãng thông tấn AFP bằng điện thoại từ tàu Challenge 1 rằng tàu chắc sẽ chạm trán với Israel vào cuối buổi sáng hoặc đầu giờ chiều thứ Hai. Đoàn tàu tiến về phía Gaza từ hải phận quốc tế Cyprus vào lúc 3 giờ chiều ngày Chủ nhật 30.5, hy vọng vào vùng biển Gaza ngày thứ Hai.Khoảng 6 giờ sau khi họ khởi hành, 3 tàu chở tên lửa của Israel rời căn cứ hải quân ở thành phố ven biển Haifa thuộc mạn bắc với nhiệm vụ ngăn chặn đoàn tàu – các phóng viên trên một trong những chiếc tàu nói trước khi gác máy. Israel đả kích đây là đoàn tàu “bất hợp pháp” toan phá vỡ phong tỏa Gaza và cảnh báo sẽ bị ngăn chặn, kéo họ đến cảng Ashdot và bắt giam những nhà hoạt động nhân quyền trước khi trục xuất họ. Israel gọi chiến dịch này là một “khiêu khích nhằm làm mất tính hợp pháp của Israel.
Thứ trưởng ngoại giao Israel Danny Ayalon nói “Nếu đoàn tàu có mục tiêu nhân đạo chính đáng, những nhà tổ chức nên gởi gì đó cho binh sĩ Gilad Shalit bị bắt cóc,” – Shalit bị Hamas bắt cóc năm 2006. Các nhà hoạt động nhân quyền trả lời trên website rằng họ đã đề nghị gia đình Shalit gởi thư cho anh ta nhưng không nhận được trả lời từ luật sư. Việc Hamas từ chối thả Shalit được Israel coi là một trong những nguyên nhân chính dẫn đến phong tỏa kinh tế Gaza. Những nhà hoạt động nhân quyền ủng hộ Palestine đã 5 lần đặt chân lên Gaza, thêm 3 lần thất bại khác kể từ chuyến đầu họ thực hiện vào tháng 8.2008.
Hamas, một nhóm tay súng Palestine đang kiểm soát Dải Gaza, đã bắn hàng ngàn tên lửa vào Israel trong 10 năm qua. Ngoại trưởng Thổ Nhĩ Kỳ lên án cuộc tấn công ngày thứ Hai 31.5, nói chuyện này “không thể chấp nhận” và yêu cầu Israel “giải thích ngay lập tức”. Ông còn nói Israel đã vi phạm luật pháp quốc tế và sẽ gánh chịu mọi hậu quả.