Ban Thường vụ Tỉnh ủy Phú Yên xác định đây là hạt nhân chính trị cơ sở nên đã tập trung củng cố và có nhiều đổi mới trong phương thức lãnh đạo. Hai năm gần đây, tại địa bàn các khu dân cư phát triển thêm 41 chi bộ; đồng thời các tổ chức cơ sở Đảng trong tỉnh xây dựng quy chế làm việc của cấp ủy và hoàn thiện quy chế làm việc giữa Bí thư với Chủ tịch HĐND, Chủ tịch UBND, Chỉ tịch UBMTTQ và người đứng đầu các đoàn thể ở xã (phường, thị trấn).
Cấp ủy các cấp tập trung đổi mới phương thức lãnh đạo đáp ứng yêu cầu nhiệm vụ trong tình hình mới, phù hợp với chủ trương thí điểm không tổ chức HĐND tại 7 huyện và 12 phường cũng như mô hình Bí thư đồng thời là Chủ tịch UBND cấp huyện và một số xã, phường, thị trấn. Ban Thường vụ Tỉnh ủy Phú Yên còn phân công từng đồng chí Tỉnh ủy viên phụ trách địa bàn các xã đặc biệt khó khăn và cấp ủy viên huyện, thành phố, thị xã cùng các trưởng phòng, ban đều được giao phụ trách từng thôn, buôn, khu phố…Bên cạnh đó, Tỉnh ủy và các Đảng ủy trực thuộc còn luân chuyển 65 đồng chí trên cơ sở đã được quy hoạch cũng như yêu cầu đào tạo, rèn luyện trong thực tế. Qua đó kịp thời nắm chắc tình hình cơ sở, chỉ đạo giải quyết, xử lý những vụ việc phức tạp ngay từ đầu.
Nhờ phát triển mạng lưới chi bộ đều khắp đã tạo điều kiện cho việc phát hiện, bồi dưỡng phát triển đảng viên với số lượng đảng viên mới kết nạp hàng năm tăng từ 6%-7%, trong đó chú trọng đối tượng là đoàn viên, nữ, dân tộc thiểu số, trí thức, góp phần thay đổi cơ cấu đội ngũ đảng viên theo hướng tích cực. Riêng đảng viên là đồng bào dân tộc thiểu số có 1.128 người, chiếm 5,3% tổng số đảng viên toàn Đảng bộ. Từ năm 2006 đến nay, toàn Đảng bộ tỉnh Phú Yên kết nạp được 5.957 đảng viên mới, đạt chỉ tiêu Nghị quyết Đại hội Đảng bộ nhiệm kỳ 2005-2010 đề ra.
Cùng với công tác phát triển Đảng, Tỉnh ủy Phú Yên rất chú trọng đến công tác kiểm tra và số đảng viên, tổ chức cơ sở Đảng được kiểm tra hàng năm đều tăng. Riêng năm 2009, có 852 tổ chức cơ sở Đảng và 3.068 đảng viên được kiểm tra; số tổ chức cơ sở Đảng được kiểm tra tăng 55% so năm 2008. Qua đó đã thi hành kỷ luật đối với 11 tổ chức đảng và 213 đảng viên. Ngoài ra, Ủy ban kiểm tra các cấp còn xem xét giải quyết 47 đơn thư tố cáo đảng viên và 13 trường hợp khiếu nại kỷ luật Đảng….
Theo Ủy ban kiểm tra Tỉnh ủy Phú Yên, năm 2008, toàn Đảng bộ Phú Yên có 63,4% tổ chức cơ sở Đảng được xếp loại trong sạch, vững mạnh, giảm 11,3% so năm trước và 73,3% đảng viên đủ tư cách hoàn thành xuất sắc nhiệm vụ ./.