Trên cơ sở đó, Huyện ủy đã tăng cường chỉ đạo cấp ủy, chính quyền các xã chuyển dịch mạnh cơ cấu kinh tế nông nghiệp theo hướng sản xuất hàng hóa, tăng nhanh giá trị thu nhập trên một đơn vị canh tác; tăng cường áp dụng các tiến bộ khoa học kỹ thuật vào sản xuất, từng bước gắn sản xuất với chế biến và bao tiêu sản phẩm.
Qua hơn 2 năm thực hiện, cơ cấu kinh tế nông nghiệp của huyện đã có những bước chuyển dịch mạnh mẽ. Đã hình thành các vùng sản xuất hàng hóa tập trung cho thu nhập lớn như: vùng chè, vùng chuối, vùng dứa, vùng ngô, vùng lúa thâm canh, lúa đặc sản Séng cù.
Huyện phối hợp với các doanh nghiệp đầu tư mở rộng vùng nguyên liệu thuốc lá trên địa bàn gắn với "4 nhà": Nhà nước, doanh nghiệp, người dân, nhà khoa học. Tổ chức tuyên truyền và tập huấn kỹ thuật cho người dân. Nhờ đó mà diện tích và sản lượng thuốc lá nguyên liệu không ngừng tăng lên. Năm 2006, toàn huyện trồng được 30 ha, năng suất bình quân đạt 14,5 tạ/ha, giá trị thu nhập đạt 663,5 triệu đồng. Năm 2007, trồng được 43,5 ha, năng suất bình quân đạt 15,96 tạ/ha, giá trị thu nhập trên 1 tỷ đồng. Năm 2008, mở rộng diện tích trồng cây thuốc lá lên 76 ha tại 4 xã giá trị thu nhập ước đạt 2,7 tỷ đồng. Năm 2009, trồng được 175 ha, bình quân 1 ha thuốc lá cho thu nhập 33 - 35 triệu đồng.
Dự án phát triển vùng ớt nguyên liệu gắn với chế biến tương ớt được nhân dân hưởng ứng, bởi cây ớt là cây trồng truyền thống của người dân địa phương. Sản xuất và chế biến tương ớt đã trở thành nghề truyền thống của nhân dân. Sản phẩm tương ớt của huyện được thị trường trong và ngoài tỉnh rất ưa chuộng, đã được đăng ký thương hiệu và cấp bản quyền sở hữu trí tuệ. Đến nay diện tích cây ớt của huyện là 100 ha, năng suất bình quân đạt 50 tạ/ha, thu nhập đạt 55 triệu đồng/ha.
Về dự án lúa đặc sản Séng cù đã được huyện đặc biệt quan tâm. Sản phẩm lúa Séng Cù được thị trường trong và ngoài tỉnh ưa chuộng, được đăng ký và cấp bản quyền sở hữu trí tuệ. Năm 2008, diện tích lúa Séng cù toàn huyện đạt 400 ha, sản lượng đạt 2.943 tấn đạt, giá trị hàng hóa trên 25 tỷ đồng.
Chương trình phát triển vùng nguyên liệu chè ngày càng có sự chuyển biến mạnh mẽ. Cây chè đem lại hiệu quả kinh tế cao, ổn định vững chắc và lâu dài. Nông trường Thanh Bình đã xây dựng được thương hiệu cho sản phẩm chè Mường Khương. Giá trị sản phẩm chè được nâng lên rõ rệt, giá bán sản phẩm và giá mua nguyên liệu cơ bản ổn định. Sản lượng chè búp tươi hàng năm bình quân đạt 2.500 tấn, sản phẩm chè khô và chè tinh chế đã được xuất khẩu ra các nước vùng Tây Á và tiêu thụ trong nội địa. Thu nhập bình quân 1 ha chè đạt từ 20 - 24 triệu đồng/năm. Huyện đã rà soát, quy hoạch mở rộng vùng chè tập trung đến năm 2015 gồm 4 xã: Thanh Bình, Lùng Vai, Bản Sen, Bản Lầu từ 700 ha lên 1.200 ha. Tiếp tục quy hoạch và phát triển vùng chè cổ thụ tại các xã: Cao Sơn, La Pán Tẩn, Tả Thàng với quy mô 700 ha.
Do điều kiện khí hậu thuận lợi, cây dứa đã phát triển tốt ở khu vực Bản Lầu, đến nay, diện tích trồng dứa đạt 700 ha. Cây dứa đã góp phần nâng cao thu nhập, xóa đói giảm nghèo cho nhân dân vùng dự án. Thu nhập từ cây dứa đạt 18 - 22 tỷ đồng/năm. Bên cạnh đó cũng đã hình thành vùng chuối tập trung ở 2 xã Bản Lầu và Nậm Chảy với diện tích trên 200 ha, giá trị thu nhập hàng năm trên 20 tỷ đồng (bình quân 1 ha chuối cho thu nhập 160 triệu đồng).
Từ thực hiện chương trình kinh tế nông, lâm nghiệp gắn với xóa đói giảm nghèo, diện mạo nông thôn vùng cao ở Mường Khương có nhiều khởi sắc. Giá trị thu nhập trên một đơn vị diện tích canh tác được nâng cao, tốc độ tăng trưởng trong nông nghiệp đạt bình quân trên 9%/năm, đời sống vật chất và tinh thần của nhân dân được cải thiện, đến năm 2008 tỷ lệ hộ đói nghèo của huyện Mường Khương là 43,39%, dự kiến năm 2009, tỷ lệ hộ nghèo giảm xuống còn 37,8% (theo tiêu chí mới), bình quân mỗi năm giảm 6,6%.
Trong năm 2009 và các năm tiếp theo, huyện Mường Khương tiếp tục triển khai đề án giảm nghèo nhanh và bền vững theo Nghị quyết 30a của Chính phủ, Chương trình xóa nhà tạm theo Quyết định 167 của Thủ tướng Chính phủ và các chương trình mục tiêu khác; tiếp tục chuyển dịch cơ cấu kinh tế nông nghiệp và nông thôn nhằm cải thiện và nâng cao đời sống cho nhân dân. Chắc chắn trong thời gian tới diện mạo huyện vùng cao Mường Khương ngày càng khởi sắc.