Sẽ không chấm điểm câu bị in sai trong đề thi môn Vật lý đối với các thí sinh thi tại Quy Nhơn. Điểm của câu này sẽ được tính cho 49 câu còn lại. Như vậy, thang điểm chấm môn Vật lý cho các thí sinh dự thi tại Quy Nhơn sẽ khác với thang điểm chấm môn Vật lý của các Hội đồng thi khác trong cả nước (thang điểm tối đa cho môn Vật lý ở cụm Quy Nhơn là 10 điểm cho 49 câu; các nơi khác là 10 điểm cho 50 câu).
Ngay sau khi công bố đề thi và đáp án các môn thi khối A của kỳ thi tuyển sinh đại học, cao đẳng năm 2009 trên mạng, Ban chỉ đạo tuyển sinh đại học, cao đẳng, Bộ GD&ĐT đã nhận được thông tin về sai sót một câu của đề thi môn Vật lý tại Cụm thi Quy Nhơn so với đề thi do Bộ công bố.
Theo giải trình của Hội đồng coi thi liên trường Cụm thi Quy Nhơn, đề thi trong CD do Ban Đề thi của Bộ cung cấp là chính xác. Nhưng đề thi in ra từ CD lại không có dấu "-". Vì vậy các bản sao đề thi cũng bị thiếu dấu "-".
Báo cáo ban đầu của Ban Đề thi Trường Đại học Quy Nhơn, Ban Đề thi đã sử dụng phần mềm điều khiển máy in HP5100tn chưa tương thích với hệ điều hành Windows Vista. Ban Đề thi cũng nhận sai sót về qui trình kiểm soát trong sao in đề thi chưa kỹ, nên đã không phát hiện được lỗi sai sót trên bản đề thi gốc được in từ CD trước khi nhân bản.
Đến cuối giờ chiều ngày 6/7, sau cuộc họp của Thường trực Ban chỉ đạo tuyển sinh dưới sự chủ trì của Thứ trưởng Bộ GD&ĐT Phạm Vũ Luận, đã thảo luận và tham khảo ý kiến đề xuất của Trưởng môn Vật lý và Trưởng ban Đề thi, Bộ GD&ĐT đã thống nhất đưa ra phương án xử lý trên tinh thần khắc phục sai sót nhưng phải đảm bảo quyền lợi, công bằng cho các thí sinh dự thi tại Quy Nhơn và thí sinh cả nước.
Theo đó, sẽ không chấm điểm câu bị in sai trong đề thi môn Vật lý đối với các thí sinh thi tại Quy Nhơn. Điểm của câu này sẽ được tính cho 49 câu còn lại. Như vậy, thang điểm chấm môn Vật lý cho các thí sinh dự thi tại Quy Nhơn sẽ khác với thang điểm chấm môn Vật lý của các Hội đồng thi khác trong cả nước (thang điểm tối đa cho môn Vật lý ở cụm Quy Nhơn là 10 điểm cho 49 câu; các nơi khác là 10 điểm cho 50 câu).
Bộ GD&ĐT cũng yêu cầu Ban Đề thi Trường Đại học Quy Nhơn kiểm điểm, xác định nguyên nhân cụ thể gây ra sự cố để rút kinh nghiệm và làm rõ trách nhiệm của các cá nhân, tập thể có liên quan.
Thứ trưởng Phạm Vũ Luận cũng cho biết, Bộ GD&ĐT cũng đang tiến hành kiểm tra, xác minh các thông tin liên quan đến việc cán bộ coi thi giải thích sai đề thi môn Toán, tô sai số báo danh...