Mờ sáng ngày 28-6, quân đội tấn công vào dinh tổng thống ở thủ đô Tegucigalpa (Honduras), bắt Tổng thống Manuel Zelaya lên trực thăng chở sang Costa Rica và bao vây thủ đô. Theo một quan chức chính phủ Honduras, ít nhất tám thành viên nội các, trong đó có Ngoại trưởng Patricia Rodas đã bị bắt.
Vụ việc xảy ra chỉ vài giờ trước khi Honduras diễn ra cuộc trưng cầu dân ý cho phép ông Zelaya ứng cử thêm nhiệm kỳ hai. Trước đó Tòa án tối cao và Bộ trưởng Tư pháp đã tuyên bố việc này trái hiến pháp, vốn quy định tổng thống chỉ được giữ một nhiệm kỳ. Tòa án tối cao thừa nhận đã yêu cầu quân đội lật đổ ông Zelaya.
Chiều cùng ngày, Chủ tịch Quốc hội Honduras Roberto Micheletti tuyên thệ nhậm chức tổng thống lâm thời, nắm quyền chờ bầu cử tổng thống mới vào tháng 11-2009. Ông Micheletti đã ban hành lệnh giới nghiêm hai đêm 28 và 29-6, chỉ định ngoại trưởng mới và cảnh cáo mọi sự can thiệp bên ngoài.
Tổng thống Zelaya cho đây là một âm mưu chính trị, không từ bỏ vị trí tổng thống Honduras, yêu cầu Mỹ can thiệp khôi phục chức vụ cho mình. Tuần trước, ông Zelaya đã sa thải Tổng tư lệnh quân đội Honduras Romeo Vasquez và chấp nhận đơn từ chức của Bộ trưởng Quốc phòng Edmundo Orellana vì phản đối vụ trưng cầu dân ý. Tuy nhiên, ông Romeo Vasquez đã được Tòa án tối cao khôi phục chức vụ sau đó.
Sau sự cố, Tổng thống Venezuela Hugo Chavez tuyên bố sẽ lật đổ ông Micheletti, đặt quân đội vào tình trạng khẩn cấp, sẵn sàng tiến vào Honduras một khi đại sứ quán Venezuela tại Honduras bị tấn công. Ông Chavez cáo buộc và cho biết sẽ điều tra khả năng Mỹ nhúng tay vào vụ đảo chính này.
Tổng thống Mỹ Barack Obama và Ngoại trưởng Hillary Clinton lên án sự việc và yêu cầu các bên ở Honduras tôn trọng các nguyên tắc dân chủ. Theo một số quan chức chính phủ Mỹ, Mỹ chỉ công nhận ông Manuel Zelaya là tổng thống Honduras, một số nhà ngoại giao Mỹ đang vận động khôi phục ghế tổng thống cho ông này. Mỹ phủ nhận cáo buộc của Venezuela.
Tổng Thư ký LHQ Ban Ki-moon, Cuba, Bolivia, Argentina, Liên minh châu Âu cũng lên án vụ đảo chính và yêu cầu đưa ông Zelaya trở lại ghế tổng thống. Cùng ngày, Tổ chức các nước châu Mỹ (OAS) ra nghị quyết yêu cầu khôi phục ngay lập tức, an toàn và vô điều kiện vị trí tổng thống theo hiến pháp cho ông Manuel Zelaya.