Tổng số vốn đầu tư (từ nguồn phát hành trái phiếu Chính phủ, ngân sách hàng năm của địa phương và từ nguồn vốn ODA) để thực hiện Đề án vào khoảng 45.280 tỷ đồng. Bộ Y tế là cơ quan quản lý, thường trực Đề án này.
Theo đó, tổng số bệnh viện được đầu tư xây dựng, cải tạo, nâng cấp về cơ sở hạ tầng, trang thiết bị gồm: 78 bệnh viện đa khoa tỉnh và trung ương; 55 bệnh viện lao; 40 bệnh viện, trung tâm tâm thần; 33 bệnh viện nhi, sản nhi và 9 bệnh viện, trung tâm ung bướu; 7 khoa ung bướu của các bệnh viện đa khoa thuộc Bộ Y tế, thuộc các bệnh viện đa khoa tỉnh, thành phố; Viện các bệnh Truyền nhiễm và Nhiệt đới quốc gia và Trường Đại học Y Dược Cần Thơ.
Về cơ chế hỗ trợ từ nguồn vốn trái phiếu Chính phủ, đối với 23 tỉnh miền núi đặc biệt khó khăn sẽ hỗ trợ 100% nhu cầu đầu tư còn lại (tổng mức đầu tư được cấp có thẩm quyền phê duyệt trừ đi các nguồn vốn hợp pháp).
Các tỉnh, thành phố có điều tiết về ngân sách trung ương dưới 50%, gồm Hải Phòng, Quảng Ninh, Vĩnh Phúc, Đà Nẵng, Khánh Hòa, Cần Thơ và Hà Tây (cũ) được hỗ trợ 60% nhu cầu đầu tư còn lại.
Các tỉnh điều tiết về ngân sách trung ương trên 50%, gồm Bình Dương, Đồng Nai, Bà Rịa-Vũng Tàu, Hà Nội, TP.Hồ Chí Minh được hỗ trợ 30% nhu cầu còn lại.
Đối với các tỉnh còn lại, hỗ trợ 80% nhu cầu còn lại cho các bệnh viện đa khoa, ung bướu, chuyên khoa nhi, sản nhi và hỗ trợ 100% nhu cầu còn lại cho các bệnh viện lao tâm thần.
Bên cạnh đó, hỗ trợ 100% nhu cầu còn lại đối với các bệnh viện chuyên khoa nhi, ung bướu, Viện các bệnh Truyền nhiễm và Nhiệt đới quốc gia, Trường Đại học Y Dược Cần Thơ thuộc Bộ Y tế quản lý.