Vụ việc bắt đầu từ tháng 12/2007, CT IC của Nguyễn Phương Nam tham dự và trúng thầu phát hành CP VCB lần đầu ra công chúng (thông qua đại lý đấu giá của Ngân hàng Ngoại thương VN là CTCP chứng khoán quốc tế Hoàng Gia). CT IC đặt cọc 625 triệu đồng trúng đấu giá mua 61.500 CP, mức giá 103.000đ/CP trị giá hơn 6,3 tỷ đồng. Cá nhân Nam đặt cọc 500 triệu đồng cho 50.000 CP, trị giá gần 5,2 tỷ đồng. Tiếp đến, ngày 18/1/2008, CT IC và CTCP chứng khoán Mêkông (do ông Nguyễn Việt Hà là quyền TGĐ) ký hợp đồng mua chứng khoán chưa niêm yết với nội dung CT chứng khoán Mêkông mua 50.000 CP phổ thông VCB (loại mệnh giá 10.000đ) từ CT IC với mức giá chuyển nhượng là 101.800đ/CP, tổng trị giá gần 5,1 tỷ đồng. CT Mêkông sẽ thanh toán ngay tiền cho CT IC ngay khi ký kết hợp đồng.

Theo quy định của hợp đồng, trong thời gian chờ chuyển nhượng, CT IC không được bán, chuyển giao hoặc thực hiện các giao dịch khác liên quan đến số CP nói trên. Thế nhưng, ngày 21/1/2008, Nam lại ký hai hợp đồng mua bán lại số chứng khoán trên với CTCP chứng khoán quốc tế Hoàng Gia với nội dung: CT IC và cá nhân Nguyễn Phương Nam bán 111.500 CP VCB cho CT Hoàng Gia với giá 50.000đ/cổ phiếu, tổng trị giá hơn 5,5 tỷ đồng và cam kết mua lại toàn bộ số CP này với giá 57.200đ/cổ phiếu, tổng trị giá 6,3 tỷ đồng. Trong số này có 50.000 CP đã bán cho CT chứng khoán Mêkông. Sau khi bán CP cho CT Hoàng Gia, Nam tiếp tục bán nốt 50.000 CP VCB do Nam sở hữu cho CT chứng khoán Mêkông với giá 98.500 đồng/CP, trị giá 4,9 tỷ đồng. Tổng cộng CT chứng khoán Mêkông đã thanh toán hơn 10 tỷ đồng cho CT IC để mua 100.000 CP VCB.

Tính từ tháng 5/2008 đến tháng 7/2008, Nguyễn Phương Nam đã bán toàn bộ số CP của mình và của CT IC cho chín cá nhân để lấy tiền trả cho CT chứng khoán Hoàng Gia. Do đó, CT chứng khoán Mêkông dù đã thanh toán hết số tiền đã mua CP VCB nhưng không nhận được số CP theo hợp đồng đã ký với CT IC.