Đợt 2 kì thi tuyển sinh ĐH, CĐ 2009 diễn ra trong hai ngày (9 và 10/7), với các khối B, C, D và các khối Năng khiếu. Đợt này có trên 882 nghìn hồ sơ đăng ký dự thi vào 98 Đại học, Học viện và các trường đại học trên toàn quốc. Tính đến hết ngày 8/7, đã có trên 583 nghìn thí sinh đến làm thủ tục dự thi, chiếm tỷ lệ 67% số hồ sơ đăng ký dự thi.
Đây là đợt thi có nhiều khối thi, nhiều môn thi, trong đó, có nhiều môn thi tự luận, vì vậy, việc coi thi sẽ phức tạp hơn đợt trước. Để hạn chế các sai sót có thể xảy ra, Bộ GD-ĐT yêu cầu các Hội đồng thi triển khai các biện pháp khắc phục những hạn chế gặp phải ở đợt 1, không bố trí những cán bộ vi phạm quy chế bị xử lý kỷ luật trong đợt 1 tham gia công tác tuyển sinh ĐH đợt 2.
Đối với các thí sinh, các em cần hết sức chú ý, tuyệt đối không được mang điện thoại vào phòng thi, bởi nếu mang vào, kể cả tắt máy, thí sinh cũng lập tức bị đình chỉ thi. Hầu hết các trường hợp bị đình chỉ thi ở đợt 1 đều do mang điện thoại vào phòng thi.