Vấn đề được nhiều đại biểu quan tâm thảo luận là việc ứng dụng CNTT trong cải cách hành chính. Ông Lê Hoài Trung, Phó Giám đốc Sở Nội vụ TP.HCM, cho hay trang thông tin điện tử của TP được xếp hàng đầu trong các trang thông tin điện tử của các tỉnh, thành trong cả nước. Chương trình một cửa liên thông cũng đã được đẩy nhanh với sự hỗ trợ đắc lực của CNTT. Hiện đã có 14/24 UBND quận, huyện triển khai quy trình liên thông hoàn chỉnh giữa UBND quận, huyện và UBND phường, xã, thị trấn trên các lĩnh vực đất đai, xây dựng, đăng ký kinh doanh... Tuy nhiên, ông Trung cũng nhận xét rằng việc ứng dụng CNTT vào công tác cải cách hành chính tại TP.HCM còn manh mún, thiếu tính liên kết, tập trung.
Theo ông Phạm Văn Hải, Phó Cục trưởng Cục Ứng dụng CNTT (Bộ Thông tin và Truyền thông), việc ứng dụng CNTT hiện nay tuy đã nâng cao năng lực các cơ quan nhưng hiệu quả ứng dụng thật sự còn hạn chế. Chẳng hạn, hệ thống phần mềm quản lý văn bản và quản lý điều hành được triển khai rất rộng: Cấp bộ là 90%, cấp tỉnh là 79%. Thế nhưng tương ứng với con số triển khai trên, con số ứng dụng các phần mềm vào công tác quản lý điều hành chỉ là 18% và 15,8%. Điều ấy cho thấy “việc ứng dụng chủ yếu là trong công tác quản lý văn bản đi và đến” - ông Hải nói.
Phân tích nguyên nhân, ông Hải nói rằng đó là do việc phối hợp giữa các cơ quan trong ứng dụng hiện nay chưa đồng bộ; việc thay đổi thói quen của cán bộ, công chức chưa có chuyển biến lớn. Ông Lê Hoài Trung cũng nhìn nhận nguyên nhân có phần từ chuyện các phương tiện làm việc chưa được trang bị đồng bộ, việc kết nối hệ thống mạng, liên kết cơ sở dữ liệu, phần mềm dùng chung, hệ thống luân chuyển dữ liệu để phối hợp giải quyết hồ sơ cho dân giữa các cơ quan chưa được xây dựng...