Theo đánh giá của Thanh tra Bộ Tài chính, thực hiện Nghị định số 43/2006/NĐ-CP ngày 25/4/2006 của Chính phủ quy định quyền tự chủ, tự chịu trách nhiệm về thực hiện nhiệm vụ, tổ chức bộ máy, biên chế và tài chính đối với đơn vị sự nghiệp công lập, các Bộ và cơ quan Trung ương đã giao quyền tự chủ, tự chịu trách nhiệm về tài chính cho 756 đơn vị sự nghiệp trực thuộc.