Khi "miếng bánh" ngân sách ngày càng nhỏ lại và nguồn vốn ODA ưu đãi cho giao thông ít dần đi, các phương thức PPP, BT, BOT,... phát triển rộng rãi, đây sẽ là xu hướng tất yếu. Điều này buộc các PMU ngành giao thông phải có bước chuyển đổi, chuyên nghiệp hóa để thích ứng.
Từ trước đến giờ, PMU được giao vốn làm đại diện chủ đầu tư, gần như chỉ "sống" dựa trên việc phân bổ vốn và dự án, "xin - cho" một cách thụ động. Trong bối cảnh hiện nay, chính chủ đầu tư cũng phải đối mặt tình trạng thiếu vốn, các dự án bị đình hoãn, giãn tiến độ. Sau vụ việc xảy ra tại PMU 18, mô hình hoạt động của các PMU đã bộc lộ nhiều bất cập và cần thay đổi để chuyên nghiệp hóa, cạnh tranh và phát triển. Nhằm tạo môi trường cạnh tranh lành mạnh trong đầu tư xây dựng cơ bản, Bộ GTVT đã yêu cầu các PMU lập đề án chuyển đổi sang các công ty tư vấn hoặc công ty cổ phần quản lý dự án. Tổng công ty Đầu tư phát triển và quản lý dự án hạ tầng giao thông Cửu Long (Cửu Long CIPM) là đơn vị thí điểm, hình thành trên cơ sở sắp xếp, tổ chức lại PMU Mỹ Thuận và một số đơn vị khác, hoạt động theo mô hình công ty mẹ - công ty con, bước đầu phát huy được tính chủ động, cũng như thu hút nguồn vốn xã hội đầu tư cho phát triển hạ tầng giao thông. Vấn đề đặt ra là phải xác định chuyển đổi các PMU theo hình thức nào cho phù hợp; cần tìm kiếm các nguồn vốn đầu tư chứ không chỉ dừng lại ở việc quản lý đơn thuần. Việc này chắc chắn sẽ khó khăn bởi các PMU đã quen sử dụng các nguồn vốn sẵn có để giải ngân, nhưng vẫn phải làm bởi liên quan sự tồn tại của chính các PMU cũng như công tác đầu tư xây dựng hạ tầng giao thông.
Với yêu cầu ngày càng cao trong công tác quản lý, thực hiện các công trình, việc đánh giá tổng thể mô hình các PMU là cần thiết. Năm 2008, hàng loạt PMU lớn được sáp nhập, chuyển về Tổng cục Đường bộ Việt Nam. Dù vậy, cơ chế vận hành, quản lý thực hiện dự án của các PMU này vẫn chưa có chuyển biến đáng kể, cần có biện pháp tháo gỡ hoặc sắp xếp lại. Việc thí điểm chuyển đổi của Cửu Long CIPM có thể sẽ là tiền đề tốt để các PMU còn lại rút kinh nghiệm, tìm mô hình thích hợp với mình. Qua đây, Bộ GTVT cần tổng kết, đánh giá mô hình và tìm ra hướng đi tối ưu, giúp các PMU thoát khỏi giai đoạn khó khăn và thực hiện quản lý các dự án hiệu quả hơn.