Chức năng, nhiệm vụ của Ban Chỉ huy quân sự xã, phường, thị trấn (gọi chung là cấp xã) được quy định tại Khoản 2 Điều 21 Luật Dân quân tự vệ. Theo đó, Ban Chỉ huy quân sự cấp xã có các chức năng, nhiệm vụ như sau: