Trong bối cảnh cả thế giới đang nâng cao mức cảnh báo an ninh sau cái chết của trùm khủng bố Osama Bin Laden, việc bảo đảm an toàn và an ninh Hội nghị cấp cao ASEAN càng được chú trọng. Đại diện quân đội Indonesia trong buổi trả lời phỏng vấn hôm 5/5 cho biết, một lực lượng rà phá bom mìn đã được triển khai quanh khu vực diễn ra hội nghị.
Đại sứ quán Mỹ, Đại sứ quán Australia tại Jakarta cũng được đặt trong tình trạng báo động cao. Riêng ở đảo Bali, nơi từng xảy ra vụ tấn công khủng bố kinh hoàng năm 2002 làm hơn 200 người thiệt mạng, chính quyền địa phương đã điều thêm cảnh sát và quân đội túc trực bảo vệ 24/24h.
An ninh được thắt chặt ở Indonesia trong những ngày diễn ra Hội nghị cấp cao ASEAN lần thứ 18.
Các phương tiện giao thông qua lại khu vực bãi biển Kuta đều bị kiểm tra rất gắt gao. Tại một số vùng khác như Sumatra…, các chốt kiểm soát cũng được thành lập. Theo ước tính của nước chủ nhà, khoảng 370 phóng viên đến từ 115 cơ quan báo chí trên thế giới sẽ tham gia đưa tin về Hội nghị cấp cao ASEAN.
200 hoạt động trong khuôn khổ hội nghị cũng sẽ diễn ra trong tuần lễ ASEAN. Tân Hoa Xã chiều 6/5 còn cho hay, cảnh sát Indonesia đã phát hiện 6 quả bom được đặt dọc con sông ở thành phố Cirebon. Từ cuối tháng 4 đến nay, cảnh sát Indonesia đã bắt giữ 25 kẻ tình nghi khủng bố