Đợt 2 kì thi tuyển sinh ĐH - CĐ 2009 diễn ra trong 2 ngày, 9 và 10/7, với các khối B, C, D và các khối Năng khiếu. Rút kinh nghiệm các lần thi trước, một trong những điều được các giám thị nhắc đi nhắc lại cho thí sinh trong ngày hôm nay là tuyệt đối không được mang điện thoại vào phòng thi, bởi nếu mang vào, kể cả tắt máy, thí sinh cũng lập tức bị đình chỉ thi. Hầu hết các trường hợp bị đình chỉ thi ở đợt 1 đều do mang điện thoại vào phòng thi.
Trong đợt 1, sự cố sai đề Vật lý ở Quy Nhơn đã cho thấy, chỉ cần 1 sự chủ quan, thiếu cẩn trọng rất nhỏ cũng có thể làm ảnh hưởng tới kì thi và hàng nghìn thí sinh. Chính vì vậy, trong Công điện khẩn gửi các Hội đồng tuyển sinh đợt 2, Bộ Giáo dục đào tạo nhấn mạnh lại việc đảm bảo chặt chẽ quy trình in sao đề thi để tránh xảy ra những sự cố đáng tiếc.
Đợt 2 là đợt thi có nhiều khối thi, nhiều môn thi, trong đó, có nhiều môn thi tự luận, vì vậy, việc coi thi sẽ phức tạp hơn đợt trước. Để hạn chế các sai sót có thể xảy ra Bộ GD - ĐT yêu cầu các Hội đồng thi triển khai các biện pháp khắc phục những hạn chế gặp phải ở đợt 1, không bố trí những cán bộ vi phạm quy chế bị xử lý kỷ luật trong đợt 1 tham gia công tác tuyển sinh đợt 2.
Đợt 2, có trên 882 nghìn hồ sơ đăng ký dự thi vào 98 đại học, học viện và các trường đại học trên toàn quốc. Cho đến cuối buổi chiều nay, đã có trên 586 nghìn thí sinh đến làm thủ tục dự thi. Như vậy, số thí sinh ảo ở đợt 2 chiếm tỷ lệ 67%. Từ nhiều năm nay, tỷ lệ thí sinh ảo luôn dao động ở mức 1/3 tổng số hồ sơ đăng ký. Ở đợt 1, có những phòng thi chỉ có 6 thí sinh.